36協定の指導が2026年9月から変わる？薬局の残業管理で確認すべきこと

36協定の指導が2026年9月から変わる？薬局の残業管理で確認すべきこと

2026年9月1日から変わるのは「残業時間の上限」ではなく、労働基準監督署の指導方法です。月45時間・年360時間などの上限規制は変わりません。

「9月から45時間を超えて残業させても大丈夫になる」という意味ではないので注意してください。

むしろ薬局では、残業時間だけでなく、特別条項付き36協定に定めた「健康及び福祉を確保するための措置」を実際に行っているかまで確認しておくことが重要になります。【1】厚生労働省

※本記事は2026年8月30日時点の厚生労働省・労働局・e-Gov等の公表情報をもとにした一般的な解説です。個別の労務判断は、所轄労働基準監督署、都道府県労働局、社会保険労務士などへご確認ください。

この記事で分かることは？

• 2026年9月1日に36協定の何が変わるのか
• 月45時間を超えて残業させてもよくなるのか
• 特別条項付き36協定とは何か
• 健康・福祉確保措置とは何か
• 薬局で確認すべき残業管理10項目
• 薬歴・在宅・閉局作業の時間をどう扱うか
• 管理薬剤師・薬局長の残業管理で注意すること
• 2026年9月28日のe-Gov変更

2026年9月1日から36協定の何が変わる？

労働基準監督署による「監督・指導の方法」が変わります。

厚生労働省は、2026年9月1日から、時間外・休日労働時間数だけに着目して「1か月45時間以内へ削減してください」と一律に求める指導を見直すと公表しています。【1】

その代わりに、各事業場が36協定で定めている「健康及び福祉を確保するための措置」の実施状況を重点的に確認し、その状況に応じた必要な指導を行うとしています。

変更前と2026年9月以降はどう違う？

項目	これまで	2026年9月1日以降
監督指導	時間外・休日労働時間数にも着目	時間数だけによる一律指導を見直す
月45時間への指導	45時間以内への削減を一律に求める指導	一律の指導を見直す
重点確認	時間数など	健康・福祉確保措置の実施状況
月45時間・年360時間	原則上限	変更なし
過重労働への対応	必要に応じて指導	引き続き必要な指導を実施

厚生労働省は、過重労働による健康障害のおそれが高い事業場については、2026年9月以降も引き続き必要な指導を行うと明記しています。【1】

月45時間を超えて残業させてもよくなる？

自由に45時間を超えてよくなるわけではありません。

時間外労働の上限は、原則として以下です。

• 1か月45時間
• 1年360時間

この原則上限は2026年9月以降も変わりません。【2】厚生労働省「時間外労働の上限について」

臨時的な特別の事情があり、特別条項付き36協定を適切に締結している場合には45時間を超えられるケースがあります。

ただし、その場合でも上限があります。

項目	上限
原則の時間外労働	月45時間・年360時間
特別条項時の年間時間外労働	年720時間以内
時間外労働＋休日労働	単月100時間未満
時間外労働＋休日労働	2〜6か月平均80時間以内
月45時間を超えられる回数	年6か月まで

特別条項付き36協定とは？

通常予見できない業務量の大幅な増加など、臨時的な事情がある場合に限度時間を超えられるよう定める36協定です。

「人手不足だから」「毎月忙しいから」「業務上必要だから」といった恒常的な長時間労働を前提にする制度ではありません。

厚生労働省の36協定指針では、臨時的な特別の事情はできる限り具体的に定めることが求められています。【3】36協定指針

薬局ならどんな場面を確認する？

薬局実務では、例えば以下のような場面で残業が急増することがあります。

• 急な欠員
• 予想を大きく上回る処方箋集中
• 棚卸しやシステム障害
• 在宅患者への緊急対応
• 大規模な業務トラブルへの対応

ただし、実際に自社の特別条項の事由として認められるかは、自社の36協定に何と記載しているかを確認してください。

2026年9月から重要になる「健康・福祉確保措置」とは？

限度時間を超えて働く労働者の健康を守るため、特別条項付き36協定で定める措置です。

厚生労働省の指針では、健康・福祉確保措置として次のようなものが示されています。【3】

措置	簡単にいうと
医師による面接指導	長時間勤務者の健康状態を医師が確認する
深夜業の回数制限	深夜勤務が続きすぎないようにする
勤務間インターバル	退勤から翌日の始業まで一定の休息を確保する
代償休日・特別休暇	負担の大きかった人に休みを設ける
健康診断	勤務状況や健康状態に応じて健診を行う
連続休暇	まとまった休みを取得しやすくする
健康相談窓口	心身の相談先を設ける
配置転換	必要に応じて勤務負担を調整する
産業医等による保健指導	専門職による健康面の助言を受ける

健康・福祉確保措置は記録まで残す必要がある？

はい。特別条項に関する健康・福祉確保措置の実施状況は記録保存が必要です。

厚生労働省の通達では、健康・福祉確保措置の実施状況に関する記録を、36協定の有効期間中および有効期間満了後3年間保存することとされています。【4】厚生労働省通達

例えば勤務間インターバルを健康確保措置にしているなら、

• 対象者
• 対象となった日
• 実際の退勤時刻
• 翌日の始業時刻
• 必要な休息を確保できたか

など、後から実施状況を確認できる状態にしておくことが重要です。

薬局が今すぐ確認したい残業管理10項目は？

まず以下の10項目をチェックしてください。

36協定の過半数代表者は店長が決めていい？

会社側が一方的に指名するのは適切ではありません。

労働者の過半数で組織する労働組合がない場合、36協定は労働者の過半数を代表する者との間で締結します。

厚生労働省は、過半数代表者について「使用者の意向に基づき選出されたものでないこと」を要件として示しています。【5】厚生労働省Q&A

薬局では残業時間をどう把握すればいい？

「月末に合計を見る」のではなく、個人別に月の途中から確認するのがおすすめです。

薬局では、閉局時刻＝勤務終了時刻とは限りません。

例えば、

• 閉局後の薬歴入力
• レジ締め
• 在庫・発注処理
• 疑義照会
• 在宅訪問後の記録
• 棚卸し
• 日報作成
• 会社から指示された研修や会議

などが残ることがあります。

厚生労働省は、使用者が労働者の始業・終業時刻を確認し、記録することを求めています。原則的な方法として、タイムカード、ICカード、パソコンの使用時間など客観的記録を基礎とした確認が示されています。【6】厚生労働省

薬歴を閉局後に書く時間も残業になる？

業務として行っているのであれば、単に「閉局後だから勤務時間ではない」とは考えられません。

例えば19時閉局の薬局で、患者対応終了後に20時まで薬歴、発注、在庫処理を行っているなら、19時で一律に勤怠を切るのではなく、実際の勤務状況を確認する必要があります。

重要なのはシフト表の終了時刻ではなく、実際に何時まで業務をしていたかです。

薬局の残業を減らすには何を見ればいい？

処方箋の総枚数だけでなく「いつ仕事が集中しているか」を確認します。

例えば1日100枚の薬局でも、朝から夕方まで均等に来る薬局と、17時以降に患者さんが集中する薬局では残業の発生しやすさが違います。

残業原因	確認・対策例
夕方に処方箋が集中	遅番・応援時間をピークへ移す
薬歴が残る	勤務中の薬歴時間・業務分担を見直す
在宅担当だけ遅い	訪問件数・移動・記録時間を確認する
欠員	応援・採用・シフト変更を早めに検討する
棚卸し・月末業務	作業を事前に分散する

管理薬剤師・薬局長なら36協定は関係ない？

「管理薬剤師」「薬局長」という肩書だけで、労働基準法上の管理監督者になるわけではありません。

厚生労働省は、管理監督者について名称だけではなく、

• 職務内容
• 責任と権限
• 労働時間に関する裁量
• 賃金などの待遇

などの実態から判断するとしています。【7】厚生労働省「管理監督者」

したがって、

と肩書だけで判断するのは適切ではありません。

薬機法上の管理薬剤師と、労働基準法上の管理監督者は別の概念として考える必要があります。

残業時間は月末だけ見ればいい？

月末だけでは遅いため、月の途中で段階的に確認する運用がおすすめです。

例えば社内管理の目安として、

• 月10時間を超えた
• 月20時間を超えた
• 月30時間を超えた
• 45時間へ近づいている

と段階的に確認し、原因と今後の勤務予定を見ます。

ここでいう10時間・20時間・30時間は法令上の基準ではなく、45時間になってから慌てないための店舗内管理例です。

特に、薬局長・管理薬剤師・在宅担当・遅番担当など一部の人へ残業が集中していないかを確認しましょう。

小規模薬局なら週44時間の特例が使える？

事業区分と人数によっては週44時間の特例措置が関係する場合があります。

労働基準法では原則として1日8時間・週40時間ですが、商業、保健衛生業など一定の業種で、常時使用する労働者が10人未満の事業場には週44時間の特例があります。【8】和歌山労働局

2026年9月28日に36協定届も変わる？

はい。ただし9月1日の監督指導見直しとは別の変更です。

e-Govは、2026年9月28日に36協定届など複数の労働基準行政関係手続について申請様式を変更する予定と公表しています。【9】e-Gov電子申請

対象には、

• 時間外労働・休日労働に関する協定届（一般条項）
• 時間外労働・休日労働に関する協定届（特別条項付き）
• 本社一括届
• 1年単位の変形労働時間制に関する協定届
• 就業規則（変更）届

などが含まれます。

保存済みの申請データに注意

e-Govによると、2026年9月27日以前に保存した申請データは、9月28日以降に再利用できなくなります。【9】

9月末〜10月に36協定の更新を予定している会社は、事前に担当部署と確認しておくと安心です。

薬局長は具体的にどんな順番で確認すればいい？

「36協定を見る→勤怠を見る→特別条項を見る→健康確保措置を見る」の順なら初心者でも整理しやすいです。

ステップ1：最新の36協定を開く

まず確認するのは以下です。

• 有効期間
• 対象事業場
• 対象業務
• 月・年の限度時間
• 特別条項の有無

ステップ2：実際の勤怠と比べる

協定書だけを見て終わらず、実際の勤怠データと照合します。

ステップ3：45時間に近いスタッフを見る

店舗全体の平均ではなく、個人別に確認します。

ステップ4：特別条項の発動手続きを確認する

限度時間を超える際に、自社の36協定で定めた手続きを確認します。

厚生労働省は、所定の手続きを経ずに限度時間を超えて労働時間を延長した場合は法違反となる旨を示しています。【4】

ステップ5：健康確保措置を確認する

最後に、36協定で選択している健康・福祉確保措置を実際に実施しているか確認します。

薬局実務ではどこで問題になりやすい？

「36協定は本部が管理しているから、店舗では内容を知らない」という状態に注意が必要です。

チェーン薬局では36協定の締結や届出を本部労務部門が担当していることもあります。

しかし店舗では、

• 誰の残業が増えているか
• 遅番翌日の早番が続いていないか
• 薬歴残業が発生していないか
• 欠員が長期間続いていないか
• 在宅担当だけ負担が集中していないか

といった実態を薬局長が最も把握しやすい立場にあります。

36協定についてよくある質問は？

Q1．2026年9月から45時間を超えて残業してもいい？

自由に超えてよくなるわけではありません。月45時間・年360時間という原則上限は変わりません。【2】

Q2．36協定そのものが2026年9月からなくなる？

なくなりません。法定時間外・休日労働を行わせる場合に36協定が必要であることは変わりません。

Q3．今回の変更は残業規制の緩和？

残業上限そのものの緩和ではありません。9月1日の主な変更は、労働基準監督署による相談・支援と監督指導方法の見直しです。【1】

Q4．特別条項があれば毎月45時間を超えていい？

いいえ。45時間を超えられる月数は年6か月以内であり、年720時間以内など他の上限もあります。【2】

Q5．健康確保措置は書いてあるだけでいい？

いいえ。2026年9月以降は実施状況が重点的な確認対象になります。【1】

Q6．健康確保措置の記録は保存する？

はい。実施状況に関する記録は、協定の有効期間中と満了後3年間の保存が必要です。【4】

Q7．薬歴を書いている時間も確認する？

はい。会社の指示や業務上必要な作業として行っている場合、実態に即して労働時間を把握する必要があります。【6】

Q8．管理薬剤師なら残業管理の対象外？

肩書だけでは判断できません。管理監督者に該当するかは職務、権限、勤務態様、待遇などの実態で判断されます。【7】

Q9．小規模薬局なら必ず週44時間になる？

必ずではありません。対象業種・事業場規模などの要件があるため、個別に確認してください。【8】

Q10．2026年9月28日は何が変わる？

e-Govの36協定届などの申請様式が変更予定です。9月27日以前に保存した申請データが再利用できなくなる点にも注意してください。【9】

まとめ｜2026年9月から薬局の残業管理で何を確認する？

薬局長として店舗管理を学ぶには？

36協定だけでなく、残業時間、人員配置、処方箋枚数、売上、在庫、人件費などを数字で捉えられるようになると、店舗運営の改善点を見つけやすくなります。

薬局長として店舗運営やマネジメントを体系的に整理したい方は、ゆずまる著『薬局長になったら最初に読む本』も参考にしてください。

なお、同書は労働法の専門書ではありません。36協定など法令については、必ず厚生労働省等の最新一次情報を確認してください。

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参考文献

1. 厚生労働省「時間外労働等に係る相談・支援及び監督指導を見直します」
   https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_75454.html
   最終確認日：2026年8月30日
2. https://www.startup-roudou.mhlw.go.jp/36_pact.html
   最終確認日：2026年8月30日
3. 厚生労働省「労働基準法第三十六条第一項の協定で定める労働時間の延長及び休日の労働について留意すべき事項等に関する指針」
   https://www.mhlw.go.jp/web/t_doc?dataId=00011010&dataType=0&pageNo=1
   最終確認日：2026年8月30日
4. 厚生労働省「働き方改革を推進するための関係法律の整備に関する法律による改正後の労働基準法の施行について」
   https://www.mhlw.go.jp/web/t_doc?dataId=00tc3655&dataType=1&pageNo=1
   最終確認日：2026年8月30日
5. 厚生労働省「36協定の過半数代表者の要件」
   https://www.startup-roudou.mhlw.go.jp/qa/zigyonushi/roudoujikan/q8.html
   最終確認日：2026年8月30日
6. 厚生労働省「労働時間の適正な把握方法について教えて下さい。」
   https://www.check-roudou.mhlw.go.jp/qa/roudousya/roudoujikan/q5.html
   最終確認日：2026年8月30日
7. 厚生労働省「管理監督者」
   https://www.check-roudou.mhlw.go.jp/hanrei/shogu/kantoku.html
   最終確認日：2026年8月30日
8. 和歌山労働局「労働時間（第32条・第40条）」
   https://jsite.mhlw.go.jp/wakayama-roudoukyoku/newpage_00468.html
   最終確認日：2026年8月30日
9. e-Gov電子申請「就業規則（変更）届、1年単位の変形労働時間制に関する協定届および時間外労働・休日労働に関する協定届の申請様式の変更について」
   https://shinsei.e-gov.go.jp/contents/news/mhlw/2026-08-14t1040510900_1759.html
   最終確認日：2026年8月30日